Sorry für meinen falschen Beitrag, Abt hat Recht.
Die unter "Programme und Features" aufgelisteten .NET Versionen sind die Multitarget Packs und SDKs (welche u.a. für Visual Studio benötigt werden), aber nicht die Runtime Versionen. Alle 4.x .NET-Versionen verwenden die gleiche Runtime-Version v4.0.30319.
Trotzdem sollte es bei einer nachträglichen Installation von 4.6 nur Probleme geben, wenn ein Programm Features verwendet, welche als "Breaking Changes" gelten, s.a.
Anwendungskompatibilität in .NET Framework. In deinem Fall also
Runtime-Änderungen für die Migration von .NET Framework 4.5.1 zu 4.6.1 (wobei einige der Fehler dann wiederum in höheren Versionen, also 4.6.2 oder 4.7, beseitigt wurden).